可视化的蛋白质配位图(VPLG)使用一个基于图的模型来描述蛋白质的结构，基于超级二级结构级别。一个蛋白质配位图是计算从原子坐标在PDB文件和二级结构作业的DSSP算法。在这个图,顶点代表二级结构元素(SSEs,通常是阿尔法螺旋和β股)或配体分子,而边缘模型之间的接触和相对方位。图表能可视化,写入到数据库,并保存在一个基于文本的文件格式。
