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子图枚举

algorithm

什么是对父图的所有子图进行枚举的有效算法。在我的特殊情况下,父图是一个分子图,因此它将被连接起来,并且通常包含少于100个顶点。

编辑:我只对连接的子图感兴趣。


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2020-07-28

共1个答案

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该问题在该问题的公认答案中有更好的答案。它避免了@ninjagecko的答案中标记为“您填写以上函数”的计算复杂的步骤。它可以有效地处理有多个环的化合物。

有关完整的详细信息,请参见链接的问题,但这是摘要。(N(v)表示顶点v的邻居的集合。在“选择顶点”步骤中,可以选择任何任意顶点。)

GenerateConnectedSubgraphs(verticesNotYetConsidered, subsetSoFar, neighbors):
    if subsetSoFar is empty:
        let candidates = verticesNotYetConsidered
    else
        let candidates = verticesNotYetConsidered intersect neighbors
    if candidates is empty:
        yield subsetSoFar
    else:
        choose a vertex v from candidates
        GenerateConnectedSubgraphs(verticesNotYetConsidered - {v},
                                   subsetSoFar,
                                   neighbors)
        GenerateConnectedSubgraphs(verticesNotYetConsidered - {v},
                                   subsetSoFar union {v},
                                   neighbors union N(v))
2020-07-28