不用担心，文档interrupt指出：

如果在调用Object类的wait（），wait（long）或wait（long，int）方法或join（），join（long），join（long，int）方法时阻塞了此线程，此类的sleep（long）或sleep（long，int）方法，则其中断状态将被清除，并将收到InterruptedException。

因此，只有InterruptedException在处于某种阻塞/睡眠/等待状态时，线程才会获取。如果您正在运行，则线程在进入这些状态之一之前不会获得异常。

您的循环应为：

while(!Thread.currentThread().isInterrupted()) // <- something of the sort here
{
    try{
        // do work
    } catch (InterruptedException e){
        // clean up
    }
}

更新：
此外，文档指出：

如果上述条件均不成立，则将设置该线程的中断状态。