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小编典典

在Anaconda虚拟环境中启动Matlab引擎会返回“分段错误（核心已转储）”

python

我已经按照从Anaconda在Linux上将Matlab
Engine安装到运行Python3.5的Anaconda虚拟环境的答案中的说明安装了官方的MATLAB Engine
。我现在可以导入matlab并且matlab.engine不会收到错误。但是，当我尝试：时
matlab.engine.start_matlab()，出现“分段错误（核心已转储）”

我尝试从conda环境中设置LD_LIBRARY_PATH（以防万一，即使相关）：，export LD_LIBRARY_PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/lib:$LD_LIBRARY_PATH但无济于事。据我所知，该路径也不存在，所以我也尝试过
export DYLD_LIBRARY_PATH=path_to_anaconda3/envs/myEnv/lib:$LD_LIBRARY_PATH

那么，如何在Anaconda虚拟环境中从Python启动matlab引擎/调用Matlab脚本？

顺便说一下，我在Ubuntu上


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2021-01-20

共1个答案

小编典典

简短的答案：有两个问题需要解决

  1. $LD_LIBRARY_PATH应该 不 包含对Anaconda安装的路径。根据conda文档：https ://conda.io/docs/building/shared-libraries.html，建议不要添加这样的路径，但是某些软件包仍然可能这样做，从而导致分段错误。
  2. 需要从正确版本的libpythonXXX.dylib文件到/ usr / lib /的符号链接，以便MATLAB可以找到正确的Python

长答案：将MATLAB Engine与Anaconda结合使用的完整安装说明

  • 安装支持您要使用的Python的MATLAB版本。确保已激活此特定的MATLAB安装
  • 打开终端并转到包含MATLAB安装的Python引擎的文件夹： cd "/usr/local/MATLAB/R2017a/extern/engines/python"
  • 使用要使用的Python版本运行setup.py，并在Anaconda环境位置添加前缀：sudo python3.5 setup.py install --prefix="/your_path_to_anaconda3/envs/your_env"。此时，你应该能够import matlab和matlab.engine您的蟒蛇环境的Python内，但是，在我的情况下，启动发动机给了分割错误。
  • 查找正确版本的libpython文件。您的Anaconda环境应包含以下内容：find /your_path_to_anaconda3/envs/your_env/ -name libpython*。就我而言，这返回了：
    • /…/lib/libpython3.so
    • /…/lib/python3.5/config-3.5m/libpython3.5m.a
    • /…/lib/libpython3.5m.so.1.0
    • /…/lib/libpython3.5m.so
  • 当我想在python 3.5中使用它时，我使用了libpython3.5m（我不知道为什么存在’m’）。从该文件的.dylib版本到/ usr / lib：建立符号链接sudo ln -s /your_path_to_anaconda3/envs/your_env/lib/libpython3.5m.dylib /usr/lib。请注意，/ usr / lib中只能有一个名为libpython3.5m.dylib的链接。因此，如果您有多个使用相同版本的Python的Anaconda环境，则只需将此链接设置一次即可。但是请记住不要删除此环境，因为那样会断开所有其他依赖它的环境的链接。
  • 启动一个新终端（！）并激活您的Anaconda环境：source activate your_env。在Anaconda环境中检查LD_LIBRARY_PATH是否包含对Anaconda环境的任何引用echo $LD_LIBRARY_PATH。如果是这样，请确保它不再做：export LD_LIBRARY_PATH=only_paths_you_do_want_to_keep_separated_by_a_colon。每当您激活Anaconda环境时，都需要重复执行此导出操作，因此您可能希望研究更永久的设置方法。但是，在我的情况下（除了我自己添加它以希望可以改善的事实），该路径实际上是由pygpu添加的，所以我最终从我的python脚本中重置了LD_LIBRARY_PATH（到目前为止，没有注意到不良影响） 。
2021-01-20