如何将“打印”输出重定向到文件？

小编典典

如何将“打印”输出重定向到文件？

all

我想使用 Python 将打印重定向到 .txt 文件。我有一个循环，当我想将所有*
输出重定向到一个文件时for，它将print输出我的每个 .bam文件。所以我试着说： *

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我脚本的开头。但是我在 .txt 文件中一无所获。我的脚本是：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

所以有什么问题？除了这个还有什么办法sys.stdout吗？

我需要我的结果看起来像：

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

阅读 67

2022-05-18

共1个答案

小编典典

最明显的方法是打印到文件对象：

with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)  #聽Python 3.x
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x

但是，重定向标准输出也适用于我。像这样的一次性脚本可能很好：

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print('i = ', i)

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从 Python 3.4
开始，标准库中有一个简单的上下文管理器可用于执行此操作：

from contextlib import redirect_stdout

with open('out.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('data')

从外壳本身外部重定向是另一种选择，通常更可取：

./script.py > out.txt

其他问题：

脚本中的第一个文件名是什么？我没有看到它初始化。

我的第一个猜测是 glob 没有找到任何 bamfile，因此 for 循环不会运行。检查该文件夹是否存在，并在您的脚本中打印出 bamfiles。

此外，使用os.path.join 和
os.path.basename来操作路径和文件名。

2022-05-18