从MSDN：

申请退出

通知所有消息泵它们必须终止，然后在处理完消息后关闭所有应用程序窗口。如果您被称为Application.Run（WinForms应用程序），这是要使用的代码，此方法将停止所有线程上所有正在运行的消息循环并关闭应用程序的所有窗口。

环境出口

终止此过程，并为基础操作系统提供指定的退出代码。这是使用控制台应用程序时要调用的代码。

本文Application.Exit与Environment.Exit指向一个很好的提示：

您可以System.Windows.Forms.Application.Run通过检查System.Windows.Forms.Application.MessageLoop属性来确定是否已调用。如果为true，则已调用Run，并且可以假定WinForms应用程序正在按以下方式执行。

if (System.Windows.Forms.Application.MessageLoop) 
{
    // WinForms app
    System.Windows.Forms.Application.Exit();
}
else
{
    // Console app
    System.Environment.Exit(1);
}

参考：为什么Application.Exit无法正常工作？