我进行了一些研究，并在论坛中找到以下消息：

将EDITOR环境变量设置为php脚本，调用“ crontab -e”。该脚本可以修改文件，并且在退出时crontab将重新读取文件并进行更新。

因此，我尝试了一些方法，并成功了。我将在下面粘贴工作代码：

#!/usr/bin/php
<?php

$on  = "* * * * * /usr/bin/php /home/user/every_minute_script.php\n";
$off = "# * * * * * /usr/bin/php /home/user/every_minute_script.php\n";

$param    = isset( $argv[1] ) ? $argv[1] : '';
$filename = isset( $argv[2] ) ? $argv[2] : '';

if ( $param == 'activate' )
{
    shell_exec( 'export EDITOR="/home/user/cron.php on"; crontab -e' );
}
elseif( $param == 'deactivate' )
{
    shell_exec( 'export EDITOR="/home/user/cron.php off"; crontab -e' );
}
elseif( in_array( $param, array( 'on', 'off' ) ) )
{
    if ( !is_writable( $filename ) )
        exit();

    $crontab = file( $filename );
    $key = array_search( $param == 'on' ? $off : $on, $crontab );

    if ( $key === false )
        exit();

    $crontab[$key] = $param == 'on' ? $on : $off;
    sleep( 1 );
    file_put_contents( $filename, implode( '', $crontab ) );
}

exit();

?>

实际上，我们cron.php在/home/user文件夹中有一个名为的脚本，设置为可执行文件（chmod a+x cron.php），并从命令行（PHP-CLI）调用。稍后，我将对其进行调整以从网络运行，这是我的意图。

用法：./cron.php activate启用cronjob并将./cron.php deactivate其禁用。

该脚本正确地（本身）设置了EDITOR环境变量，然后调用crontab -e，依次调用EDITOR（现在是相同的cron.php脚本），并将临时crontab文件位置作为参数传递。然后，找到并更改了正确的crontab行，并保存了修改后的版本，替换了临时文件。脚本退出后，crontab将更新。

这恰好满足了我的需求，并且符合我的需求。

其他答案很好，可能适合不同的需求和方案，在此我要感谢做出贡献的每个人。