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后缀数组算法

algorithm

经过大量的阅读之后,我弄清楚了后缀数组和LCP数组代表什么。

后缀数组 :表示 数组 每个后缀的_lexicographic等级。

LCP数组按字典顺序排序 后,包含两个连续后缀之间的最大长度前缀匹配。

几天以来,我一直在努力理解 后缀数组和LCP算法的工作原理。

这是代码,摘自Codeforces

/*
Suffix array O(n lg^2 n)
LCP table O(n)
*/
#include <cstdio>
#include <algorithm>
#include <cstring>

using namespace std;

#define REP(i, n) for (int i = 0; i < (int)(n); ++i)

namespace SuffixArray
{
    const int MAXN = 1 << 21;
    char * S;
    int N, gap;
    int sa[MAXN], pos[MAXN], tmp[MAXN], lcp[MAXN];

    bool sufCmp(int i, int j)
    {
        if (pos[i] != pos[j])
            return pos[i] < pos[j];
        i += gap;
        j += gap;
        return (i < N && j < N) ? pos[i] < pos[j] : i > j;
    }

    void buildSA()
    {
        N = strlen(S);
        REP(i, N) sa[i] = i, pos[i] = S[i];
        for (gap = 1;; gap *= 2)
        {
            sort(sa, sa + N, sufCmp);
            REP(i, N - 1) tmp[i + 1] = tmp[i] + sufCmp(sa[i], sa[i + 1]);
            REP(i, N) pos[sa[i]] = tmp[i];
            if (tmp[N - 1] == N - 1) break;
        }
    }

    void buildLCP()
    {
        for (int i = 0, k = 0; i < N; ++i) if (pos[i] != N - 1)
        {
            for (int j = sa[pos[i] + 1]; S[i + k] == S[j + k];)
            ++k;
            lcp[pos[i]] = k;
            if (k)--k;
        }
    }
} // end namespace SuffixArray

我不能,只是无法了解这种算法的工作原理。我尝试使用铅笔和纸写一个示例,并完成了所涉及的步骤,但由于两者之间的联系过于复杂,至少对于我来说,它们之间失去了联系。

非常感谢您提供有关说明的任何帮助(例如使用示例)。


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2020-07-28

共1个答案

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总览

这是用于后缀数组构造的O(n log n)算法(或者,如果使用的不是::sort2遍存储桶排序,则为O(n log n)算法)。

它的工作方式是先对原始字符串的2克(*)排序,然后对4克,然后对8克S排序,依此类推,因此在第i次迭代中,我们对2个i克进行排序。有可明显不超过日志2(n)的这样的迭代,并且诀窍是,排序2
我 -grams中的第i个步骤是通过确保两个2每次比较容易我 -grams是为O完成(1)时间(而不是O(2 i)时间)。

它是如何做到的?好吧, 在第一次迭代中, 它对2克 语法 (又名双字母组)进行排序,然后执行所谓的 字典重命名
。这意味着它将创建一个新的数组(长度为length n),该数组为每个二元组存储其在二元组排序中的 排名

词典重命名示例: 假设我们有一些双字母组的 排序
列表{'ab','ab','ca','cd','cd','ea'}。然后,我们从左到右分配 等级 (即字典名称),从等级0开始,并在遇到 新的
双字母组变化时递增等级。因此,我们分配的等级如下:

ab : 0
ab : 0   [no change to previous]
ca : 1   [increment because different from previous]
cd : 2   [increment because different from previous]
cd : 2   [no change to previous]
ea : 3   [increment because different from previous]

这些等级被称为 词典名称

现在, 在下一个迭代中
,我们对4克进行排序。这涉及不同4克之间的大量比较。我们如何比较两个4克?好吧,我们可以逐个字符地比较它们。每个比较最多要进行4次操作。但是,相反,我们使用前面步骤中生成的排名表,通过
查找
其中包含的两个二元组的排名来进行比较。该等级代表先前2克排序中的字典顺序,因此,如果对于任何给定的4克,其前2克的等级高于另一个4克的前2克,则它在字典上必须更大
前两个字符的某个地方 。因此,如果对于两个4克,第一个2克的等级相同,则它们在 前两个字符 。换句话说,在等级表中进行 两次查找
足以比较两个4克的所有4个字符。

排序后,我们再次为4克创建新的词典名称。

在第三次迭代中,我们需要按8克排序。同样,从上一步开始的字典顺序表中的两次查找足以比较两个给定8克的所有8个字符。

依此类推。每次迭代i都有两个步骤:

  1. 按2个i- gram 排序,使用上一次迭代的词典名称,以使每个步骤分2个步骤(即O(1)时间)进行比较

  2. 创建新的词典名称

我们重复此过程,直到所有2个i-
gram都不同为止。如果发生这种情况,我们就完成了。我们怎么知道是否都不同?好吧,字典名称是从0开始的整数递增序列。因此,如果在一次迭代中生成的最高字典名称与相同n-1,则每个2
i- gram必须被赋予自己的独特字典名称。


实作

现在,让我们看一下代码以确认所有这些内容。使用的变量如下:sa[]是我们正在构建的后缀数组。pos[]是排名查找表(即,它包含词典名称),特别是pos[k]包含k上一步的-
th m-gram 的词典名称。tmp[]是用于帮助创建的辅助数组pos[]

我将在代码行之间进一步说明:

void buildSA()
{
    N = strlen(S);

    /* This is a loop that initializes sa[] and pos[].
       For sa[] we assume the order the suffixes have
       in the given string. For pos[] we set the lexicographic
       rank of each 1-gram using the characters themselves.
       That makes sense, right? */
    REP(i, N) sa[i] = i, pos[i] = S[i];

    /* Gap is the length of the m-gram in each step, divided by 2.
       We start with 2-grams, so gap is 1 initially. It then increases
       to 2, 4, 8 and so on. */
    for (gap = 1;; gap *= 2)
    {
        /* We sort by (gap*2)-grams: */
        sort(sa, sa + N, sufCmp);

        /* We compute the lexicographic rank of each m-gram
           that we have sorted above. Notice how the rank is computed
           by comparing each n-gram at position i with its
           neighbor at i+1. If they are identical, the comparison
           yields 0, so the rank does not increase. Otherwise the
           comparison yields 1, so the rank increases by 1. */
        REP(i, N - 1) tmp[i + 1] = tmp[i] + sufCmp(sa[i], sa[i + 1]);

        /* tmp contains the rank by position. Now we map this
           into pos, so that in the next step we can look it
           up per m-gram, rather than by position. */
        REP(i, N) pos[sa[i]] = tmp[i];

        /* If the largest lexicographic name generated is
           n-1, we are finished, because this means all
           m-grams must have been different. */
        if (tmp[N - 1] == N - 1) break;
    }
}

关于比较功能

该函数sufCmp用于按字典顺序比较两个(2 * gap)-gram。因此,在第一个迭代中,它比较双字母组,在第二个迭代中,它比较4克,然后是8克,依此类推。由gap全局变量来控制。

天真的实现sufCmp是这样的:

bool sufCmp(int i, int j)
{
  int pos_i = sa[i];
  int pos_j = sa[j];

  int end_i = pos_i + 2*gap;
  int end_j = pos_j + 2*gap;
  if (end_i > N)
    end_i = N;
  if (end_j > N)
    end_j = N;

  while (i < end_i && j < end_j)
  {
    if (S[pos_i] != S[pos_j])
      return S[pos_i] < S[pos_j];
    pos_i += 1;
    pos_j += 1;
  }
  return (pos_i < N && pos_j < N) ? S[pos_i] < S[pos_j] : pos_i > pos_j;
}

这将在开始时比较(2
*间隙)-gram第i个后缀pos_i:=sa[i]与所述一个发现在第j个后缀的开始pos_j:=sa[j]。而且,它还将通过性格比较他们的性格,即比较S[pos_i]S[pos_j],然后S[pos_i+1]S[pos_j+1]等。只要字符相同,它就会继续。一旦它们不同,如​​果第i个后缀的字符小于第j个后缀的字符,则返回1,否则返回0。(请注意,return a<b在函数中返回int意味着如果条件为true则返回1,如果条件为false则返回0。)

返回语句中的复杂外观条件处理(2 * gap)-gram之一位于字符串末尾的情况。在这种情况下,即使比较所有(2 * gap)字符,也不会到达pos_i或,即使到该点为止的所有字符都相同。如果第i个后缀在末尾,则返回1;如果第j个后缀在末尾,则返回0。这是正确的,因为如果所有字符都相同,则
较短的 字符在字典上较小。如果已到达末尾,则第i个后缀必须比第j个后缀短。pos_j``N __pos_i

显然,这种简单的实现是O(gap),即它的复杂度在(2 * gap)-grams的长度上是线性的。但是,您的代码中使用的函数使用字典名称将其简化为O(1)(具体而言,最多可以进行两次比较):

bool sufCmp(int i, int j)
{
  if (pos[i] != pos[j])
    return pos[i] < pos[j];
  i += gap;
  j += gap;
  return (i < N && j < N) ? pos[i] < pos[j] : i > j;
}

如您所见,我们不查找单个字符S[i]S[j],而是检查第i个和第j个后缀的词典顺序。在以前的迭代中为间隙图计算了词典排名。因此,如果pos[i] < pos[j],则第i个后缀sa[i]必须以词汇表上小于开头的gap-gram的gap-
gram开头sa[j]。换句话说,只需通过查找pos[i]pos[j]和他们比较,我们比较了第一个 缺口 的两个后缀的字符。

如果等级相同,我们将继续通过比较pos[i+gap]pos[j+gap]。这与比较(2 * gap)-gram 的下一个 间隙 字符(即
后半部分)相同 。如果秩再次相同,则两个(2 * gap)-gram相同,因此我们返回0。否则,如果第i个后缀小于第j个后缀,则返回1。


以下示例说明了该算法的工作方式,并特别说明了词典名称在排序算法中的作用。

我们要排序的字符串是abcxabcd。为此需要三个迭代来生成后缀数组。在每次迭代中,我将显示S(字符串),sa(后缀数组的当前状态)和tmppos,它们代表词典名称。

首先,我们初始化:

S   abcxabcd
sa  01234567
pos abcxabcd

请注意,最初代表字母组合的字典顺序的词典名称是如何与字符(即字母组合)本身完全相同的。

第一次迭代:

排序sa,使用二元语法作为分类标准:

sa  04156273

前两个后缀为0和4,因为它们是bigram’ab’的位置。然后是1和5(bigram’bc’的位置),然后是6(bigram’cd’),然后是2(bigram’cx’)。然后是7(不完整的双字母组’d’),然后是3(bigram’xa’)。显然,位置仅基于字符二元组而对应于顺序。

生成词典名称:

tmp 00112345

如上所述,字典名称被指定为递增整数。前两个后缀(均以bigram’ab’开头)为0,后两个后缀(均以bigram’bc’开头)均为1,然后为2、3、4、5(每个都是不同的bigram)。

最后,我们根据中的位置将其映射sapos

sa  04156273
tmp 00112345
pos 01350124

(方式pos产生是这样的:经过sa从左至右,并使用项来定义索引pos,使用在相应的条目tmp。定义为指数值那么pos[0]:=0pos[4]:=0pos[1]:=1pos[5]:=1pos[6]:=2,,等指数来自sa,值来自tmp。)

第二次迭代:

我们sa再次进行排序,然后再一次查看来自pos二元 组(每个 二元 组代表原始字符串的 两个二元 组的序列)。

sa  04516273

请注意,与的先前版本相比,1 5的位置是如何切换的sa。它以前是15,现在是51。这是因为在上一次迭代期间,bigram at
pos[1]和bigram at pos[5]以前是相同的(两者bc),但是现在bigram at pos[5]12,而bigram
at pos[1]13。所以位置5之前
的位置1。这是由于以下事实:词典名称现在分别表示原始字符串的二元组:pos[5]表示bcpos[6]表示“
cd”。因此,它们一起代表bcd,而pos[1]代表bcpos[2]代表cx,所以它们一起代表bcx在字典上确实比bcd

再次,我们通过sa从左到右筛选当前版本并在中比较相应的双字母组来生成词典名称pos

tmp 00123456

前两个条目仍然相同(均为0),因为中的对应二元组pos都是01。其余的是严格增加的整数序列,因为其中的所有其他二元组pos都是唯一的。

我们pos像以前一样执行到新对象的映射(从中获取索引sa和中的值tmp):

sa  04516273
tmp 00123456
pos 02460135

第三次迭代:

我们sa再次进行排序,取pos(与往常一样)的二元组,每个二元组代表原始字符串的4个二元组的序列。

sa  40516273

您会注意到,现在前两个条目已切换位置:04已变为40。这是因为在二元pos[0]02,而在一个pos[4]01,后者显然是字典序小。深刻的原因是这两个分别代表abcxabcd

生成词典名称会产生:

tmp 01234567

它们都是不同的,即最高的7n-1。因此,我们完成了,因为排序现在基于所有不同的m-gram。即使我们继续,排序顺序也不会改变。


改善建议

每次迭代中用于对2个i- gram 进行排序的算法似乎是内置的sort(或std::sort)。这意味着它是一种比较排序,在最坏的情况下,
每次迭代 都需要O(n log n)时间。由于在最坏的情况下存在log n次迭代,因此这使其成为O(n(log
n)2)次算法。但是,可以使用两次遍历的存储桶排序来执行排序,因为我们用于排序比较的键(即上一步的词典名称)形成了一个递增的整数序列。因此,可以将其改进为用于后缀排序的实际O(n
log n)时间算法。


备注

我相信这是Manber和Myers在1992年的论文中提出的用于后缀数组构造的原始算法(Google
Scholar上的链接
;它应该是第一击,并且可能在其中带有PDF链接)。这(同时,但独立于Gonnet和Baeza-
Yates的论文)正是引入了后缀数组(当时也称为pat数组)作为数据结构而值得进一步研究的原因。

用于后缀数组构造的现代算法为O(n),因此上述方法不再是可用的最佳算法(至少从理论上讲,不是最坏情况下的复杂性)。


脚注

(*) 通过 2-克 我的意思是两个序列 连续
原始字符串的字符。例如,当S=abcde是字符串,然后abbccdde是2-克S。同样,abcdbcde是4克。通常,m-gram(对于正整数m)是一系列m连续字符。1-gram也称为unigram,2-gram称为bigrams,3-gram称为trigram。有些人会继续使用四卦,五芒星等。

请注意,S开头和位置的后缀i是的(ni)-gram S。同样,每个m-gram(对于任何m-gram)都是的后缀之一的前缀S。因此,对m-
gram进行排序(对于一个尽可能大的m)可以是对后缀进行排序的第一步。

2020-07-28